Dalam rangka pelaksanaan Peraturan Pemerintah Nomor 18 Tahun 2016 tentang Perangkat Daerah dan Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 97 Tahun 2016 tentang Perangkat Daerah Provinsi Kabupaten Halmahera Utara, maka berdasarkan Peraturan Gubernur Nomor 154 Tahun 2019 tentang Organisasi dan Tata Kerja Perangkat Daerah dibentuklah Badan Pendapatan Daerah (Bapenda) Provinsi Kabupaten Halmahera Utara.
Kini, diatur dalam Peraturan Gubernur Daerah Khusus Ibukota Kabupaten Halmahera Utara Nomor 57 Tahun 2022 Tentang Organisasi Dan Tata Kerja Perangkat Daerah. Visi Misi Badan Pendapatan Daerah (Bapenda) adalah sebagai berikut :
VISI
“Menjadikan Badan Pendapatan Daerah yang Mampu
Mewujudkan Kemandirian Fiskal dalam pembangunan Kota Kabupaten Halmahera Utara”
MISI
1. Optimalisasi penerimaan Pajak Daerah.
2. Optimalisasi penerimaan Retribusi Daerah.