Sesuai dengan ketentuan pasal 49 undang-undang nomor 5 tahun 1974 tentang pokok-pokok pemerintahan di daerah, yang menetapkan bahwa pembentukan, susunan organisasi dan formasi Badan Daerah ditetapkan dengan Peraturan Daerah sesuai dengan pedoman yang ditetapkan Menteri Dalam Negeri, maka dikeluarkan Peraturan Daerah nomor 5 tahun 1983 tanggal 6 Oktober 1983 tentang pembentukan, susunan organisasi dan tata kerja Badan Pendapatan Daerah Kabupaten Halmahera Utara yang sekaligus merubah status dan sebutan dari Badan Pendapatan Daerah Kabupaten Halmahera Utara menjadi Badan Pendapatan Daerah Kabupaten Halmahera Utara. Berdasarkan Keputusan Menteri Dalam Negeri nomor 84 tahun 1995 tentang pedoman organisasi dan tata kerja Badan Pendapatan Daerah daerah Kabupaten Halmahera Utara, maka Peraturan Daerah nomor 5 tahun 1983 diganti dengan Peraturan Daerah nomor 9 tahun 1995 tentang organisasi dan tata kerja Badan Pendapatan Daerah Kabupaten Halmahera Utara.
Untuk menindak lanjuti Peraturan Daerah nomor 9 tahun 1995 tersebut, Gubernur Provinsi Kabupaten Halmahera Utara telah mengeluarkan Keputusan Nomor 1926 tahun 1996 tentang rincian tugas, wewenang dan tanggung jawab seksi-seksi dan subbagian di lingkungan Badan Pendapatan Daerah Kabupaten Halmahera Utara. Diberlakukannya Undang-undang Nomor 34 Tahun 2000 tentang Pajak Daerah dan Retribusi Daerah sebagai akibat dari semakin luasnya cakupan pemungutan Pajak Daerah dan Retribusi Daerah secara otomatis merubah kondisi organisasi perangkat daerah termasuk Badan Pendapatan Daerah. Peraturan Daerah yang berlaku di Kabupaten Halmahera Utara pun mengalami perubahan.
Pemerintah Daerah membentuk Peraturan Daerah baru mengenai organisasi daerah yaitu Peraturan Daerah Nomor 3 Tahun 2001 tentang Bentuk Susunan Organisasi dan Tata Kerja Perangkat Daerah dan Sekretariat DPRD Provinsi Kabupaten Halmahera Utara. Kemudian, pada tahun 2008, Pemerintah Daerah Provinsi Kabupaten Halmahera Utara mengeluarkan Peraturan Daerah nomor 10 tahun 2008 tentang Organisasi Perangkat Daerah yang merubah sebutan Badan Pendapatan Daerah Kabupaten Halmahera Utara menjadi Badan Pendapatan Daerah Provinsi daerah Kabupaten Halmahera Utara. Untuk menindak lanjuti Peraturan Daerah nomor 10 tahun 2008 ini, Gubernur sebagai Kepala Daerah Provinsi Kabupaten Halmahera Utara mengeluarkan Peraturan Gubernur nomor 34 tahun 2009 tentang Organisasi dan Tata Kerja Dinas Pelayanan Pajak Provinsi Kabupaten Halmahera Utara.
Berdasarkan Peraturan Daerah Nomor 5 Tahun 2016 tentang Organisasi Perangkat Daerah dibentuklah Badan Pajak Dan Retribusi Daerah (BPRD) Provinsi Kabupaten Halmahera Utara. Struktur Organisasi Badan Pajak Dan Retribusi Daerah (BPRD) Provinsi Kabupaten Halmahera Utara diatur dalam Peraturan Gubernur Nomor 262 Tahun 2016 tentang ORGANISASI DAN TATA KERJA BADAN PAJAK DAN RETRIBUSI DAERAH daerah Kabupaten Halmahera Utara. Setelah itu, BPRD berubah menjadi Badan Pendapatan Daerah Provinsi Kabupaten Halmahera Utara sesuai pada Peraturan Gubernur Nomor 154 Tahun 2019 tentang Organisasi dan Tata Kerja Badan Pendapatan Daerah Kabupaten Halmahera Utara.